水中通常存在的细菌大致可分为三类：
①天然水中存在的细菌。普通的是荧光假单孢杆菌、绿脓杆菌，一般认为这类细菌对健康人体是非致病的。 ②土壤细菌。当洪水时期或大雨后地表水中较多。它们在水中生存的时间不长，在水处理过程中容易被去除。腐蚀水管的铁细菌和硫细菌也属此类。 ③肠道细菌。它们生存在温血动物的肠道中，故粪便中大量存在。水体中发现这类细菌，可以认为已受到粪便的污染。致病性肠道细菌有沙门氏杆菌（伤寒和副伤寒菌）、B型炭疽菌、痢疾志贺氏菌和霍乱弧菌等。
计算方法 细菌总数计数的研究已有很多，目前国标规定的方法为平板计数法，其检验方法是：在玻璃平皿内，接种一毫升水样或稀释水样于加热液化的营养琼脂培养基中，冷却凝固后在37°C培养24小时，培养基上的菌落数或乘以水样的稀释倍数即为细菌总数。有的国家把培养温度定为35°C或其他温度，也有把培养时间定为48小时的。这种方法精度高，但耗时长，难以满足实际工作需要。
国家标准 GB5749-2006生活饮用水水质标准规定每毫升水的细菌总数不得超过100个。
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